「統計学関連なんでもあり」の過去ログ--- 045

No.17055　比率の多重比較でのRのエラーについて　　【UT】　2012/06/11(Mon) 21:22

初めてご相談させていただきます。Rでpairwise.prop2.testを用いて比率の多重比較を行おうとしています。

> source("../../../R/src/pairwise.prop2.test.R ", encoding="euc-jp")
> x <- matrix(c(83,5,2,15,5,5,4,0,5,50,4,24), nc=6)
> x
     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]
[1,]   83    2    5    4    5    4
[2,]    5   15    5    0   50   24
> pairwise.prop2.test(x, test.function=fisher.test(x, workspace=210000))

ここで，workspaceの値が小さいと（210000など）workspaceのサイズを大きくせよとの指示が表示され，値が大きいと（220000など），
Error in compare.levels(i, j) : could not find function "test.function"
というエラーメッセージが表示され，処理が中断してしまいます。

エラーの回避方法がありましたら，ご教示をお願いしたく存じます。よろしくお願いいたします。

No.17056　Re: 比率の多重比較でのRのエラーについて　　【青木繁伸】　2012/06/11(Mon) 22:05

使い方を読んでください。

あなたの指定法だと，「分割表の本体を列数 2 の行列として指定する」のです。あなたの x の定義は 2 行 6 列なので，それを生かすなら t(x) として使う。
なおかつ，なぜ test.function を fisher.test(x, workspace=210000) などと？
test.function=fisher.test するだけです。つまり，以下のようにするのです。
> pairwise.prop2.test(t(x), test.function=fisher.test)

	Pairwise comparisons using fisher.test 

data:  t(x) 

  1       2      3      4      5     
2 4.4e-11 -      -      -      -     
3 0.0081  0.3879 -      -      -     
4 1.0000  0.0226 1.0000 -      -     
5 < 2e-16 1.0000 0.0425 0.0033 -     
6 6.2e-15 1.0000 0.2531 0.0195 1.0000

P value adjustment method: holm 

No.17057　Re: 比率の多重比較でのRのエラーについて　　【UT】　2012/06/11(Mon) 23:55

青木先生，ご教授いただきありがとうございます。

基本的な事項が全く理解できておらず，恥ずかしく思います。勉強します。
大変失礼いたしました。ありがとうございました。