「統計学関連なんでもあり」の過去ログ--- 046

No.20304　一方にeventの無い2群のLog rank test　　【AIK】　2013/10/15(Tue) 16:28

Rに関する統計の本を読みながら勉強しているものです。
リンパ節郭清の程度(2群）と全生存率との関係をKaplan Meierで計算し，2群間の有意差をLog rank testで行っています。
片方はevent（死亡）が観察期間中に8例中，5例に起こり，もう片方はeventは0です。
Log rank testでpは極めて小さくなると思ったところ p= 0.961 となります。
どこか根本的な間違いがあるのかと思いますが判りません。ご教示をお願いいたします。
尚，データは

生存期間	status 	LN dissection
2357	          0	1
1778	          1	1
551	          0	3
1181	          1	1
1523	          0	3
182	          1	1
2221	          0	3
1321	          0	3
1177	          0	1
1070	          0	1
1367	          0	3
445               0	3
761	          1     1
1338	          0     3
175	          1     1
499	          0	3

です

No.20305　Re: 一方にeventの無い2群のLog rank test　　【青木繁伸】　2013/10/15(Tue) 16:51

> どこか根本的な間違いがあるのかと思いますが判りません

手計算したのなら，どのようにして，計算したのか一部始終の計算過程を示す。
コンピュータを使ったのなら，使用したソフト，どのようにデータと指示を与えたかを示す。

そうしないと，よくわかりません。

No.20306　Re: 一方にeventの無い2群のLog rank test　　【AIK】　2013/10/15(Tue) 17:36

申し訳ありません。上記のデータをPerf.LN+-OSという名前にして下記の検査をRを用いて下記のように行いました。
> LN.D.For.P <- read.csv("Perf.LN+-OS.csv", header=TRUE)
 
> LN.D.For.P
> LN.D.For.P.KM <- survfit(Surv(生存期間, status) ~ LN.dissection, data=LN.D.For.P)
> DF1 <- data.frame(LN.D.For.P)
> DF1
> LR.LN.D.For.P <- survdiff(Surv(生存期間) ~ LN.dissection, data=DF1)
> LR.LN.D.For.P
Call:
survdiff(formula = Surv(生存期間) ~ LN.dissection, data = DF1)

                N Observed Expected (O-E)^2/E (O-E)^2/V
LN.dissection=1 8        8     7.91   0.00108   0.00238
LN.dissection=3 8        8     8.09   0.00106   0.00238

 Chisq= 0  on 1 degrees of freedom, p= 0.961 
そこでp値が0.961となりました。
よろしくお願いします。

No.20307　Re: 一方にeventの無い2群のLog rank test　　【青木繁伸】　2013/10/15(Tue) 18:04

Surv の引数に，status が抜けているでしょう。以下のようになるはずです。

> (ans <- survdiff(Surv(生存期間, status) ~ LN.dissection, data=DF1))
Call:
survdiff(formula = Surv(生存期間, status) ~ LN.dissection, 
    data = DF1)

                N Observed Expected (O-E)^2/E (O-E)^2/V
LN.dissection=1 8        5     2.55      2.34      4.97
LN.dissection=3 8        0     2.45      2.45      4.97

 Chisq= 5  on 1 degrees of freedom, p= 0.0258 

> ans$chisq
[1] 4.972457

私の書いた logrank 関数で，同じ答になるのを確認しました。

> (my.ans <- logrank(DF1$LN.dissection == 3, DF1$status, DF1$生存期間))
ログランク検定（一般的）

データ:  time: DF1$生存期間, event: DF1$status, group: DF1$LN.dissection == 3 
カイ二乗値 = 4.9725, 自由度 = 1, P値 = 0.02575

> my.ans$statistic
X-squared 
 4.972457

No.20308　Re: 一方にeventの無い2群のLog rank test　　【AIK】　2013/10/15(Tue) 18:43

ありがとうございました。今後，注意して計算していきます。